OpenBioLink
AI-driven prediction of novel links from scientific web resources

OpenBioLink

Förderjahr 2020 / Project Call #15 / ProjectID: 5171

Wir — Assoc.Prof. Dr. Matthias Samwald, Simon Ott, BSc — sind Teil einer Gruppe von ForscherInnen und Studierenden, die sich mit der Beschleunigung der Entwicklung neuer Therapien durch Web- und Artifical Intelligence (AI)-Technologien beschäftigt.

Einerseits hilft unser Projekt biomedizinischen ForscherInnen, mittels AI und Webtechnologie schneller  Zusammenhänge im Netzwerk biomedizischer Forschungsergebnisse zu finden, und dadurch vielversprechende Hypothesen zu formulieren und zu testen (z.B. 'Medikament X hilft bei Krankheit Y'). 

Andererseits hilft unser Projekt AI EntwicklerInnen, ihre Modelle zu testen und  zu verbessern.

Durchbrüche im Bereich der AI (Deep Learning, Vector Space Embeddings) haben zur Entwicklung einer Vielzahl neuer Algorithmen für Link Prediction geführt — der AI-gestützten Vorhersage von neuen Verbindungen in großen Netzwerken.

Dies bietet großes Potential für die biomedizinische Forschung -- denn ein wichtiges Ziel hierbei ist es, aus bestehenden Zusammenhängen (z.B. Gen-Protein-Prozess-Krankheit-Therapie) neue Zusammenänge zu schließen.

Unser Projekt macht dieses Potential nutzbar.

Wir entwickeln OpenBioLink, eine Open Source Software Suite, bestehend aus folgenden Komponenten:

  • Tools, um Wissen automatisiert aus Web-Ressourcen zu extrahieren
  • Einem großen, aggregierten Netzwerk biomedizinischen Wissens
  • Einem Benchmark-Datenset zum Trainieren und Testen von Link Prediction Modellen 
  • Tools für die Web-basierte Interpretation von Vorhersagen dieser Modelle

Projektteam